Institut für Humangenetik

Reguläre Bearbeitungszeiten des molekulargenetischen Labors

Überschreitungen der regulären Bearbeitungszeiten werden ausschließlich bei medizinischer Dringlichkeit (z.B. Therapierelevanz) mitgeteilt. Die Mitteilung erfolgt innerhalb eines angemessenen Zeitrahmens, spätestens nach 10 Werktagen. Auf Anfrage kann der Status der Bearbeitung eines Diagnostikauftrags jederzeit mitgeteilt werden.

Für alle Fragen hinsichtlich der Auswahl der Untersuchungen und Nutzung der Dienstleistungen, einschließlich der geforderten Art und Gestalt der Probe, sowie Beratungen zu wissenschaftlichen und logistischen Fragen wenden Sie sich bitte an:

Dr. rer. nat. Svenja Alter
Laborleitung Molekulargenetik
Breisacher Str. 33 · 79106 Freiburg
Telefon: +49 761 270-70270
Telefax: +49 761 270-70410
E-Mail: Team Molekulargenetik
(Bitte achten Sie darauf, dass Sie keine personenbezogenen Daten (z.B. Diagnosen) per E-Mail schicken)

Für klinische Fragestellungen zu den Themen klinische Indikation, Einschränkungen der Untersuchungsverfahren, Beratung von individuellen klinischen Fällen und fachliche Beurteilung zur Interpretation des Untersuchungsergebnisses wenden Sie sich bitte an:

Dr. med. Alrun Hotz
Fachärztin für Humangenetik
E-Mail: Team Molekulargenetik
(Bitte achten Sie darauf, dass Sie keine personenbezogenen Daten (z.B. Diagnosen) per E-Mail schicken)

Alle Informationen rund um die Präanalytik finden Sie in unserem Präanalytik-Handbuch, welches Sie hier downloaden können:
Präanalytik-Handbuch

• Anforderungsformular_Molekulargenetische_Diagnostik

Sanger-Sequenzierung

Vor Einführung der Next-Generation-Sequencing (NGS) Methoden in die Routinediagnostik war die Sanger-Sequenzierung der Goldstandard für die Genanalyse. Heute wird diese Methode in unserem Labor noch zielgerichtet für die Untersuchung monogener Erkrankungen, den Nachweis oder Ausschluss bekannter familiärer Mutationen und zur Segregationsanalyse verwendet. Hier bietet die Sanger-Sequenzierung mehrere Vorteile: für eine gezielte Analyse kann sie vergleichsweise schnell durchgeführt werden und die Methodik bietet eine hohe Reproduzierbarkeit, was einen konstant hohen Qualitätsstandard ermöglicht.

Multi-Gen-Panel-Sequenzierung

Da für eine Vielzahl an genetisch bedingten Erkrankungen mit genetischer Ursache mögliche zugrundeliegende Gene bereits bekannt sind, ist es von Vorteil, Patienten direkt und parallel auf ein zuvor festgelegtes Set dieser Gene zu untersuchen. Dies erfolgt mittels gezielter Anreichung von Zielsequenzen. Diese könne sich auf bestimmte Gene einer Erkrankungsgruppe beziehen (Genpanel-Diagnostik) oder aber auf alle kodierenden Bereiche des Genoms (Whole Exome Sequencing, WES) in Kombination mit der Auswertung eines festgelegten Gensets. Durch eine Kombination aus PCR- und hybridisierungsbasierten Verfahren werden sog. Sequenzierbibliotheken (Libraries) erstellt, die im Anschluss der parallelen Sequenzierung mit der Next-Generation-Sequencing (NGS) Methode unterzogen werden. Für die Analysen stehen uns mehrere hochmoderne Sequenzierer zur Verfügung (z.B. Illumina MiSeq, Illumina NextSeq1000, NextSeq500, etc.). Die hohe Kapazität dieser Maschinen ermöglicht es, eine große Zahl an Patienten gleichzeitig zu analysieren, was die Panel-Sequenzierung mittels NGS sowohl kosten- als auch zeiteffizienter macht als die herkömmliche Sanger-Sequenzierung.

Wir bieten aktuell eine Panel-Sequenzierung für folgende Erkrankungsgruppen an:

• Genodermatosen
• Familiäre Brust- und Eierstockkrebserkrankung (HBOC, als Partner des Deutschen Konsortiums familiärer Brust- und Eierstockkrebs)
• Tumorprädisposition
• Augenerkrankungen
• Gefäß- und Bindegewebserkrankungen
• Kardiologische Erkrankungen
• Neurologische Erkrankungen (Epilepsien, Neuropathien, neurodegenerative Erkrankungen)
• Intelligenzminderung
• Nierenerkrankungen
• Skelettfehlbildungen

Die Sequenzierung weiterer Erkrankungsgruppen erfolgt nach Rücksprache über Whole Exome Sequencing (WES).

Whole Exome Sequencing (WES)

Besonders für gewisse Fragestellungen wie z. B. globale Entwicklungsstörungen oder komplexe bzw. seltene Erkrankungsbilder ohne Hinweis auf eine konkrete Ursache hat sich die Methode des Whole Exome Sequencing (WES) vielfach bewährt.

Genau wie in der Panel-Sequenzierung wird auch hier die Methode des Next-Generation-Sequencing (NGS) auf einem hochmodernen Sequenzierer angewendet. Im Unterschied zur Panel-Sequenzierung wird hier aber nicht nur ein ausgewähltes Set an Genen, sondern das gesamte Exom, also alle bekannten kodierenden Genbereiche gezielt angereichert.

Um das WES zielführend auswerten zu können, ist es aufgrund der großen Datenmenge sehr wichtig, dass die klinische Symptomatik und vorliegende Befunde ausführlich beschrieben und zur Verfügung gestellt werden. Nur dann kann ein passendes Set an Genen, basierend auf HPO-Terms (HPO: Human Phenotype Ontology), erstellt werden, welches die jeweils mit der klinischen Symptomatik assoziierten Gene enthält.

Zusätzlich zu der zum aktuellen Zeitpunkt behandelten Fragestellung bietet das WES auch die Möglichkeit, zu einem späteren Zeitpunkt die erhobenen Exom-Daten hinsichtlich weiterer Indikationen auszuwerten ohne die aufwändigen Laboranalysen zu wiederholen.

Fragmentlängenanalyse

Einige genetische Erkrankungen basieren auf einer Längen-Variation sich wiederholender DNA-Sequenzmotive wie zum Beispiel bei der Huntington-Erkrankung. Für die Detektion dieser Variationen reicht eine herkömmliche Sequenzierung nicht aus, daher muss hier eine Gen-spezifische Fragmentlängen-Analyse durchgeführt werden.

Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA)

Neben punktuellen Varianten in Genen und großen chromosomalen Veränderungen können auch Duplikationen oder Deletionen von grösseren Anteilen von Genen, ursächlich für eine Erkrankung sein. Dies kann ein oder mehrere Exons eines Gens betreffen oder das gesamte Gen, bzw. auch noch größere Einheiten. Für eine zuverlässige Detektion dieser Kopienzahl-Veränderung bieten wir für eine Vielzahl an Genen eine MLPA-Analyse an (zertifizierte Kits von MRC Holland).

• Genodermatosen
• Tumorgenetik
• Augenerkrankungen
• Gefäß- und Bindegewebserkrankungen
• Intelligenzminderung
• Neurogenetik
• Nierenerkrankungen
• Skeletterkrankungen
• Kardiogenetik