Institut für Klinische Pathologie

• Prof. Dr. Silke Laßmann (BSc., PhD); M.A. (Leitung)
• Sylvia Kock (Technische Mitarbeiterin)

Kontakt: silke.lassmann@uniklinik-freiburg.de
Tel.: +49 761 270-80620

Der modulare Service beinhaltet die initiale Besprechung der Projektspezifikationen, die Probenvorbereitung, die Durchführung der molekularen Analysen sowie die Abgabe der entstehenden Datensätze für die weitere Auswertung. Die Dienstleistungen sind jeweils mit den entsprechend zusätzlichen Qualitätskontrollen der Arbeitsschritte abgesichert.

• Probenvorbereitung: automatisierte DNA und/oder RNA Extraktion inkl. Qualitätsbestimmung 
• Einzelparameterbestimmung: Q-(RT)PCR, digitale PCR, DNA/RNA-basierte Hybdridisierung (z.B. RNA Scope), Einzelsequenzierung (Sanger), CpG Insel Methylierung (Pyrsequencer)
• Multiparameterbestimmung: Q-(RT)PCR, Hybridisierungsprofile (DNA/RNA), Hochdurchsatzsequenzierung (derzeit NGS-Panel Analysen)
• Bei Bedarf: Auswertung und Zusammenfassung der Ergebnisse (z.B. für Präsentationen, Publikationen), insbesondere für umfassende Genexpressionsprofile und NGS-Panel Analytik.
• Service zur projektspezifischen Methodenentwicklung (z.B. Design q(RT)PCR Tests oder spezifische NGS-Panels)
• Vermittlung entsprechender Hintergrundinformationen zu den Technologien

Hoefflin R, Geißler AL, Fritsch R, Claus R, Wehrle J, Metzger P, Reiser M, Mehmed L, Fauth L, Heiland DH, Erbes T, Stock F, Csanadi A, Miething C, Weddeling B, Meiss F, von Bubnoff D, Dierks C, Ge I, Brass V, Heeg S, Schäfer H, Boeker M, Rawluk J, Botzenhart EM, Kayser G, Hettmer S, Busch H, Peters C, Werner M, Duyster J, Brummer T, Boerries M*, Lassmann S*, von Bubnoff N*. Personalized clinical decision making through 1 implementation of a Molecular Tumorboard – a German single center experience. JCO Precis Oncol. August 16, 2018, DOI: 10.1200/PO.18.00105 JCO Precision Oncology; * shared last authors

Hirsch B, Endris V, Lassmann S, Weichert W, Pfarr N, Schirmacher P, Kovaleva V, Werner M, Bonzheim I, Fend F, Sperveslage J, Kaulich K, Zacher A, Reifenberger G, Köhrer K, Stepanow S, Lerke S, Mayr T, Aust DE, Baretton G, Weidner S, Jung A, Kirchner T, Hansmann ML, Burbat L, von der Wall E, Dietel M, Hummel M. Multicenter validation of cancer gene panel-based next-generation sequencing for translational research and molecular diagnostics. Virchows Arch. 2018;472(4):557-565.

Geißler AL, Geißler M, Kottmann D, Lutz L, Fichter CD, Fritsch R, Weddeling B, Makowiec F, Werner M, Lassmann S. ATM mutations and E-cadherin expression define sensitivity to EGFR-targeted therapy in colorectal cancer. Oncotarget. 2017;8(10):17164-17190.

Kovaleva V, Geissler AL, Lutz L, Fritsch R, Makowiec F, Wiesemann S, Hopt UT, Passlick B, Werner M, Lassmann S. Spatio-temporal mutation profiles of case-matched colorectal carcinomas and their metastases reveal unique de novo mutations in metachronous lung metastases by targeted next generation sequencing. Mol Cancer. 2016;15(1):63.