Institut für Klinische Pathologie

Leistungsangebot CFHDP

Schnitterstellung

• Leica CM 1950
• Leica RM 2255
• Leica IP C Injekt Printer Kassettendrucker
• Slice Culture / Vibratom
•   HistoCore Arcardia C - Kühlplatte
   

Tissue MicroArray (TMA) Erstellung

• 3DHISTECH TMA Grandmaster
   

Histochemie Färbung und Auswertung
(u.a. Hämatoxylin / Eosin, Periodic acid-Schiff, Elastika-van-Gieson-Färbung)

• Dako Cover Stainer
• TissueTek Prisma
• KI-unterstützte Bildanalyse mit QuPath
•   Leica ST4020 kompakter linearer Färbeautomat
   

Immunhistochemie und Auswertung
(> 230 etablierte Färbungen)

• Dako Autostainer Link 48
• Roche Ventana BenchMark Ultra
• KI-unterstützte Bildanalyse mit QuPath
   

Schnittbilddigitalisierung

• 3D Histech Panoramic Scan
• Roche Ventana DP 200
• 3DHISTECH Pannoramic 1000 Flash IV
• SliceCenter - Datenbank für Ihre Gewebeschnitte
   

Pseudonymisierung

• Zebra - ZD421 Desktopdrucker

• Projektantrag
• Projektantrag Tierpathologische Untersuchung
• Zusatzvereinbarung zum Projektantrag des Instituts für Klinische Pathologie
• Hinweise zum Probenversand
• Nutzungsordnung Core Facility für Histopathologie und Digitale Pathologie
• Publikationen PD Dr. Peter Bronsert

Im Rahmen einer- in Kooperation mit der Core Facility für Histopathologie und Digitale Pathologie- geplanten Promotion oder eines gemeinsamen Forschungsvorhabens, werden die neuen Doktorand*innen und wissenschaftliche Mitarbeiter*innen (im folgenden Mitarbeitende) umfassend in die örtlichen Strukturen und benötigten Methoden eingearbeitet. Dieses findet anhand eines festgelegten und innerhalb von roXtra (Intranet) hinterlegten Einarbeitungsplanes statt.

Gestartet wird mit dem Einarbeitungsgespräch (und ggf. der Unterzeichnung der Promotionsvereinbarung). Im Laufe der ersten Woche lernen die neuen Mitarbeitenden das Institut für Klinische Pathologie und die Core Facility für Histopathologie und Digitale Pathologie, deren Strukturen sowie Arbeitsabläufe kennen. Dieses beinhaltet u. a. auch die Einführung zu QM-relevanten Themen und zum allgemeinen Ablauf am Arbeitsplatz Labor. Anschließend werden die pathologiespezifischen Themen mit der Einführung in die IT Systeme, die Histopathologie und die individuell benötigten Labortätigkeiten gemeinsam erarbeitet.

Nach vier Wochen erfolgt das erste Zwischengespräch mit dem / der zugeteilten Tutor*in. Das Erlernte wird rekapituliert, notwendige Vertiefungen sowie aufgetretene Schwierigkeiten erörtert, Lösungen gefunden und das weitere Vorgehen abgestimmt.

Bei Bedarf werden die Mitarbeitenden in die Methoden der digitalen Pathologie eingearbeitet. Dieses beinhaltet die Handhabung unterschiedlicher Slide Scanner und KI-Bildanalysesoftware.

Nach acht Wochen findet das Abschlussgespräch, mit der Planung der nächsten Arbeitsschritte, notwendiger Anpassungen und Fortbildungen, statt. Ferner ist eine gemeinsame Evaluation der Einarbeitung vorgesehen, um diese gegebenenfalls anzupassen bzw. zu optimieren.

2023

• Morphologic and molecular analysis of liver injury after SARS-CoV-2 vaccination reveals distinct characteristics. Journal of Hepatology (accepted) Uzun et al

• Multiparametric magnetic resonance imaging for radiation therapy response monitoring in soft tissue sarcomas: a histology and MRI co-registration algorithm. Jung M, Bogner B, Diallo TD, Kim S, Arnold P, Füllgraf H, Kurowski K, Bronsert P, Jungmann PM, Kiefer J, Kraus D, Rovedo P, Reisert M, Eisenhardt SU, Bamberg F, Benndorf M, Runkel A. Theranostics. 2023 Mar 5;13(5):1594-1606. doi: 10.7150/thno.81938. PMID: 37056570; PMCID: PMC10086213.

2022

• Accuracy of cone-beam computed tomography, digital mammography and digital breast tomosynthesis for microcalcifications and margins to microcalcifications in breast specimens. Neubauer C, Yilmaz JS, Bronsert P, Pichotka M, Bamberg F, Windfuhr-Blum M, Erbes T, Neubauer J. Sci Rep. 2022 Oct 21;12(1):17639. doi: 10.1038/s41598-022-21616-3. PMID: 36271228; PMCID: PMC9587219.

• Krüppel-like factor 7 influences translation and pathways involved in ribosomal biogenesis in breast cancer. Lüchtenborg AM, Metzger P, Cosenza Contreras M, Oria V, Biniossek ML, Lindner F, Fröhlich K, Malyi A, Erbes T, Gensch N, Maurer J, Thomsen A, Boerries M, Schilling O, Werner M, Bronsert P. Breast Cancer Res. 2022 Oct 3;24(1):65. doi: 10.1186/s13058-022-01562-8. PMID: 36192788; PMCID: PMC9531505.

• Quantitative Analysis of Diffusion Weighted Imaging May Improve Risk Stratification of Prostatic Transition Zone Lesions. Engel H, Oerther B, Reisert M, Kellner E, Sigle A, Gratzke C, Bronsert P, Krauss T, Bamberg F, Benndorf M. In Vivo. 2022 Sep-Oct;36(5):2323-2331. doi: 10.21873/invivo.12963. PMID: 36099133; PMCID: PMC9463894.

• Mesenchymal Stromal Cells Do Not Cause Radioprotection of Head-and-Neck Squamous Cell Carcinoma. Rühle A, Lies M, Strack M, Perez RL, Bieber B, Thomsen AR, Bronsert P, Huber PE, Hess J, Knopf A, Wuchter P, Grosu AL, Nicolay NH. Human Int J Mol Sci. 2022 Jul 12;23(14):7689. doi: 10.3390/ijms23147689. PMID: 35887032; PMCID: PMC9323822.

• Long-Term Diabetes Improvement After Duodenal Exclusion in Zucker Diabetic Fatty Rats Is Associated with Prevention of Strain-Specific Pancreatic Remodeling and Increased Beta Cell Proliferation. Seifert G, Malyi A, Bronsert P, Plohmann S, Kesselring R, Fichtner-Feigl S, Marjanovic G, Fink JM, Laessle C. Obes Surg. 2022 Jun;32(6):1980-1989. doi: 10.1007/s11695-022-06040-w. Epub 2022 Apr 6. PMID: 35384574; PMCID: PMC9072278.

• Prognostic Impact of Tumor Budding in Intrahepatic Cholangiocellular Carcinoma. Budau KL, Sigel CS, Bergmann L, Lüchtenborg AM, Wellner U, Schilling O, Werner M, Tang L, Bronsert P. J Cancer. 2022 May 6;13(8):2457-2471. doi: 10.7150/jca.63008. PMID: 35711834; PMCID: PMC9174844.

• Moving translational mass spectrometry imaging towards transparent and reproducible data analyses: a case study of an urothelial cancer cohort analyzed in the Galaxy framework. Föll MC, Volkmann V, Enderle-Ammour K, Timme S, Wilhelm K, Guo D, Vitek O, Bronsert P, Schilling O. Clin Proteomics. 2022 Apr 19;19(1):8. doi: 10.1186/s12014-022-09347-z. PMID: 35439943; PMCID: PMC9016955.
• Overexpression of integrin alpha 2 (ITGA2) correlates with poor survival in patients with pancreatic ductal adenocarcinoma. Deichmann S, Schindel L, Braun R, Bolm L, Taylor M, Deshpande V, Schilling O, Bronsert P, Keck T, Ferrone C, Wellner U, Honselmann K. J Clin Pathol. 2022 Apr 8:jclinpath-2022-208176. doi: 10.1136/jclinpath-2022-208176. Epub ahead of print. PMID: 35396216.

• Spontaneous activity of the mitochondrial apoptosis pathway drives chromosomal defects, the appearance of micronuclei and cancer metastasis through the Caspase-Activated DNAse. Haimovici A, Höfer C, Badr MT, Bavafaye Haghighi E, Amer T, Boerries M, Bronsert P, Glavynskyi I, Fanfone D, Ichim G, Thilmany N, Weber A, Brummer T, Spohr C, Öllinger R, Janssen KP, Rad R, Häcker G. Cell Death Dis. 2022 Apr 7;13(4):315. doi: 10.1038/s41419-022-04768-y. PMID: 35393399; PMCID: PMC8990075.

2021

• Multiple Immunostainings with Different Epitope Retrievals-The FOLGAS Protocol. von Schoenfeld A, Bronsert P, Poc M, Fuller A, Filby A, Kraft S, Kurowski K, Sörensen K, Huber J, Pfeiffer J, Proietti M, Stehl V, Werner M, Seidl M. Int J Mol Sci. 2021 Dec 25;23(1):223. doi: 10.3390/ijms23010223. PMID: 35008649; PMCID: PMC8745613.

• Proteome biology of primary colorectal carcinoma and corresponding liver metastases. Fahrner M, Bronsert P, Fichtner-Feigl S, Jud A, Schilling O. Neoplasia. 2021 Dec;23(12):1240-1251. doi: 10.1016/j.neo.2021.10.005. Epub 2021 Nov 9. PMID: 34768110; PMCID: PMC8591399.

• Spatially confined sub-tumor microenvironments in pancreatic cancer. Grünwald BT, Devisme A, Andrieux G, Vyas F, Aliar K, McCloskey CW, Macklin A, Jang GH, Denroche R, Romero JM, Bavi P, Bronsert P, Notta F, O'Kane G, Wilson J, Knox J, Tamblyn L, Udaskin M, Radulovich N, Fischer SE, Boerries M, Gallinger S, Kislinger T, Khokha R. Cell. 2021 Oct 28;184(22):5577-5592.e18. doi: 10.1016/j.cell.2021.09.022. Epub 2021 Oct 12. PMID: 34644529.

• Organotypic Slice Cultures as Preclinical Models of Tumor Microenvironment in Primary Pancreatic Cancer and Metastasis.Braun R, Lapshyna O, Eckelmann S, Honselmann K, Bolm L, Ten Winkel M, Deichmann S, Schilling O, Kruse C, Keck T, Wellner U, Bronsert P, Brandenburger M. J Vis Exp. 2021 Jun 22;(172). doi: 10.3791/62541. PMID: 34251366.

• Surgeon vs Pathologist for Prediction of Pancreatic Fistula: Results from the Randomized Multicenter RECOPANC Study. Timme S, Kayser G, Werner M, Litkevych S, Màlyi AG, Keck T, Bronsert P, Wellner UF, Petrova E, Honselmann KC; RECOPANC Review Group. J Am Coll Surg. 2021 Jun;232(6):935-945.e2. doi: 10.1016/j.jamcollsurg.2021.03.024. Epub 2021 Apr 19. PMID: 33887486.