Genomik & Bioinformatik
Umgang mit Off-Target-Problemen durch innovative Nachweismethoden.
Gene-Editing-Technologien wie CRISPR-Cas, TALENs, Base Editors und Prime Editors haben das Potenzial, schwerwiegende Erkrankungen durch gezielte Gen-Knockouts oder Genkorrekturen zu heilen. Trotz ihrer hohen Präzision können jedoch unbeabsichtigte Off-Target-Effekte auftreten, die möglicherweise regulatorische Regionen oder Gene beeinträchtigen und unerwünschte Folgen wie Tumorbildung nach sich ziehen können. Daher ist eine sorgfältige Validierung der Aktivität und Spezifität von Genom-Editoren vor ihrer klinischen Anwendung von entscheidender Bedeutung.
In unserem Labor haben wir fortschrittliche Methoden zur Identifizierung von Off-Target-Effekten entwickelt, darunter CAST-Seq (Patente US11319580B2/EP3856928B1) und Abnoba-Seq (Patent EP3812472B1). Abnoba-Seq dient der Erkennung von Off-Target-Aktivitäten in vitro. CAST-Seq hingegen ist ein hochsensitiver zellbasierter Test, der chromosomale Umstellungen an den On-Target-Stellen identifiziert, Off-Target-vermittelte chromosomale Translokationen erkennt und Off-Target-Stellen in sowohl in vivo als auch ex vivo bearbeiteten Primärzellen nominieren kann. In Kombination mit leistungsstarken bioinformatischen Pipelines ermöglicht CAST-Seq eine zuverlässige Erkennung von On-Target- und Off-Target-Effekten.
Sowohl On- als auch Off-Target-Stellen werden anschließend einer weiteren Validierung unterzogen, die auf NGS-basiertem Amplicon-Kurzlese-Sequencing, rhAmpSeq™ oder Langlese-Sequencing basiert, um eine umfassende Charakterisierung der Ergebnisse des Genome Editing zu gewährleisten.
Interesse an unserer CAST-Seq Technologie?
Wir bieten unsere Off-Targt Analysen (im speziellen CAST-Seq) als buchbare Fee-For-Service Leistung an. Bitte kontaktieren Sie Sandra Ammann.
Unsere CAST-Seq-Publikationen sind:
| Year | target(s) | Nuclease | Journal | Cells and Methode |
| 2024 | HBB, CCR5, GAPDH + DNA-PKcs inhibitor AZD7648 | spCas9 | Nature Biotech. | human HSCs, RPE
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| 2024 | NCF1 | spCas9, Cas12a | Communications Biology | HSC CAST-Seq |
| 2024 | CD40LG + DNA-PKcs inhibitor AZD7648 | TALEN, spCas9 | Nature Biotech. | human HSCs CAST-Seq, |
| 2024 | mAlb | Cas9, AAV-Hiti | Cell Rep Med | in vivo CAST-Seq |
| 2024 | COL7A1, COL17A, LAMA3 | SpCas9, D10ASaCas9 | Mol Ther | CAST |
| 2024 | ELANE | Cas9HiFi, Cas9D10A | Mol Ther | D-CAST |
| 2023 | CCR5 (TALEN) | TALEN | Front Genome Ed. | T-CAST |
| 2023 | CD40L, CSF2 | Cas9 | Cells | double KO, CAST-Seq |
| 2023 | mUnc13d | spCas9 | JACI | in vivo, mouse HSCs, CAST-Seq |
| 2023 | CCR5 CRISPR/Cas9-CtIP-dnRNF168 | spCas9, Cas9-CtIP-dnRNF168 | NAR | CAST-Seq |
| 2023 | CD3Z | spCas9 | Blood | T and NK cells CAST-Seq |
| 2023 | CD123 | Cas9 | J Exp Med | human HSCs CAST-Seq |
| 2023 | HBB (p53i) | Cas9 | Nat Commun | human HSCs CAST-Seq |
| 2023 | globin | Cas9 | Mol Ther Nucleic Acids | human HSC, CAST-Seq |
| 2023 | mHao1 | D10ASaCas9 | EMBO Mol Med | in vivo, D-CAST |
| 2021 | rhCD33 | Cas9 | Mol Ther | NHP, CAST-Seq |
| 2021 | CCR5, HBB, FANCF, VEGFA, RAG1 | Cas9, Cas9HIFI, TALEN | Cell Stem Cell | HSCs T-CAST |
Dr. Sandra Ammann
Projektmanagerin
Forschung & Entwicklung
Universitätsklinkum Freiburg
Institut für Transfusionsmedizin und Gentherapie
am Zentrum für Translationale Zellforschung
Breisacher Straße 115
79106 Freiburg
Telefon +49 761 270 77748
E-Mail:
Sandra Ammann