Das IFI unterstützt mit seiner Koordinationseinheit Klinische Forschung (CRU) Klinische Studien aller am CCI beteiligten Einrichtungen im Bereich Immundefizienz. Hierzu gehören epidemiologische Studien, Versorgungsforschung, Diagnostikstudien, Beobachtungsstudien und interventionelle Studien einschließlich Phase I/II Studien. Klinische Studien werden in Zusammenarbeit mit der Klinik für Rheumatologie und Immunologie, dem Zentrum für Kinder- und Jugendmedizin und dem Institut für Transfusionsmedizin und Gentherapie durchgeführt.
Derzeit werden folgende Studien von den Gruppenleitern des IFI durchgeführt: