Institut für Medizinische Bioinformatik und Systemmedizin

Prof. Dr. Dr. Melanie Börries

Tel.: 0761 270-84671
Melanie.boerries@uniklinik-freiburg.de

Miriam von Scheibner

Tel.: 0761 270-84673
miriam.scheibner@uniklinik-freiburg.de

Celine Sophie Deutsch

Tel.: 0761 270-84672

celine.sophie.deutsch@uniklinik-freiburg.de

Sabine Jäger

Tel.: 0761 270-84677

sabine.jaeger@uniklinik-freiburg.de

Rebecca Weida-Cuignet

Tel.: 0761 270-84663 

rebecca.weida-cuignet@uniklinik-freiburg.de

Dr. Geoffroy Andrieux
Stellvertretung

Junior Gruppen Leiter EkoEstMed

Tel.: 0761 270-84678
geoffroy.andrieux@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• NGS-Analyse (DNAseq, RNAseq, Proteomik, Epigenetik)
• Integration von Multi-omics-Daten
• Netzwerk-Modellierung
• Identifizierung von Biomarkern
• Entwicklung von Pipelines

Affiliierung: Mitglied im MIRACUM https://www.miracum.org/das-konsortium/nachwuchsforschergruppen/ekoestmed/

Bismark Appiah
Postdoktorand

Tel.: 0761 270-84683
bismark.appiah@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• NGS analyse - scRNA-seq, RNA-seq
• Epigenetik
• Zell/Molekularbiologische Methoden

Andreas Blaumeiser

Mitglied in der AG Molekulares Tumorboard

Tel.: 0761 270-84659

andreas.blaumeiser@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Pipeline-Entwicklung

Affiliierung: Mitglied im MTB, DKTK https://dktk.dkfz.de/de/home

Dr. Sajib Chakraborty

Postdoktorand

Mitglied der Nachwuchsgruppe EkoEstMed

Tel.: 0761 270-84656
sajib.chakraborty@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Bulk, Single-cell, and Spatial transcriptomics
• Proteomics and Phosphoproteomics Analysen (LC-MS/MS, DIA, DDA, SILAC, TMT, Label-free).
• Integration von Multiomics-Daten
• Systembiologie

Dr. Eyleen Corrales
Postdoktorandin

Tel.: 0761 203-9628
eyleen.corrales@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• NGS-Analyse (RNA-seq, ATAC-seq)

• Zell- und molekularbiologische Methoden

• Vorhersage der Zell-Zell-Kommunikation

Tonmoy Das

Doktorand

Mitglied der Nachwuchsgruppe EkoEstMed

Tel.: 0761 270-84664

tonmoy.das@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• NGS data analysis (WES, RNA-seq)
• Multi-omics data integration
• Pipeline development

Maria Hess
Doktorandin
Mitglied in der AG Molekulares Tumorboard

Tel.: 0761 270-84680
maria.elena.hess@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• DNA-Sequenzierung
• RNA-Sequenzierung

Affiliierung: Mitglied im MTB https://www.uniklinik-freiburg.de/medizin1/behandlung/molekulares-tumorboard.html

Dr. Anselm Hoppmann

Postdoktorand

0761 270-84664

Anselm.Hoppmann@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• DNA-Sequenzierung
• Pipeline Entwicklung
• Softwareentwicklung
• Datenbanken

Affiliierung: Mitglied im MTB

Dr. Rhena Klar

Tel: +49 761 203 9628 

rhena.klar@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• primäre 3D Organoidkulturen 
• Zell- und molekularbiologische Methoden

Affilierung: Koordination FreezeO, DKTK https://dktk.dkfz.de/de/home

Silke Kowar
Technische Assistentin

Tel.: 0761 203-9619
silke.kowar@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• BTA
• Laborassistenz/ Labororganisation
• Molekularbiologisches Arbeiten
• PDAC/Melanom/MTB/Prudent

Christopher Krolla

Doktorand

Mitglied in der Junior Gruppe EkoEstMed

Tel.: 0761 270-846662
christopher.krolla@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Machine- und Deep Learning (Bild, Graph strukturiert, Text, Tabellarisch, Video)
• Bildverarbeitung 
• NGS-Analyse (DNAseq, RNAseq, Single-Cell)
• Integration von Multi-omics-Daten
• Entwicklung von Pipelines

Ariane Lehmann
Doktorandin

Tel.: 0761 270-84679
ariane.lehmann@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Kompetenz im Labor
• RNA-Sequenzierung
• DNA-Sequenzierung

Dr. Ella Levit Zerdoun

Postdoc

Tel.: 0761 - 203 9628
ella.levit.zerdoun@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Molekularbiologie

• Zellbiologie

• Immunbiologie

Affiliierung: Mitglied im DKTK https://dktk.dkfz.de/de/home

Nawal Madkhali
Doktorandin

Tel.: 0761 203-9619
nawal.madkhali@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Molekulare Biologie / Immunologie
• Sequenzierung der nächsten Generation
• Gene Editing

Affiliierung: Mitglied im GRAKO http://www.meinbio.uni-freiburg.de/what-is-meinbio

Ralf Mertes

Doktorand

Mitglied in der AG Molekulares Tumorboard 

Tel.: +49 (0) 761 270-84693

ralf.mertes@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Zell- und molekularbiologische Labormethoden
• DNA-Sequenzierung
• RNA-Sequenzierung

Affiliierung: Mitglied im MTB https://www.uniklinik-freiburg.de/medizin1/behandlung/molekulares-tumorboard.html

Dr. Patrick Metzger
Leiter der AG Molekulares Tumorboard

Tel.: 0761 270-84682
patrick.metzger@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• DNA-Sequenzierung
• RNA-Sequenzierung
• Pipeline Entwicklung

Affiliierung: Mitglied im MTB, UE3 MIRACUM https://www.uniklinik-freiburg.de/medizin1/behandlung/molekulares-tumorboard.html  https://www.miracum.org/

Dr. Katharina Moos

Postdoktorandin

Tel.: 0761 270-84681
katharina.moos@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• DNA-Sequenzierung
• RNA-Sequenzierung

Dr. Thomas Pauli

Postdoktorand
Mitglied in der AG Molekulares Tumorboard

Tel.: 0761 270-84685
thomas.pauli@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• DNA-Sequenzierung
• RNA-Sequenzierung

Senthilkumar Ramamoorthy

Tel.: 0761 270-84674
senthilkumar.ramamoorthy@uniklinik-freiburg.de

Junior-Gruppenleiter bei Prof.Niemeyer/Ehl-Gruppe

Michael Rauer

Tel.: 0761 270-84676
michael.rauer@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Bioinformatik-Analyse von Epigenomik und Transkriptomik
• Integrative NGS-Datenanalyse
• Entwicklung von Computational Workflows

Aránzazu Sáenz
Doktorandin

Tel.: 0761 203-9619
aranzazu.saenz.espinoza@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Molekulare Biologie
• Biochemie
• Sequenzierung der nächsten Generation

Affiliierung: Mitglied im GRAKO http://www.meinbio.uni-freiburg.de/what-is-meinbio

Dr. Vincent Schipperges

Postdoktorand
Mitglied in der AG Molekulares Tumorboard

Tel.: 0761 270-84694
vincent.schipperges@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Datenanalyse
• Pipeline-Entwicklung

Affiliierung: Mitglied im SFB 1160 https://www.sfb1160.uni-freiburg.de/

Dr. Andreas Tsouris

Postdoktorand

andreas.tsouris@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• NGS data analysis (DNAseq, RNAseq)
• Pipeline development 
• Nanopore sequencing data analysis 

Georg Vladimirov
Doktorand

Tel.: 0761 203-9619
georg.vladimirov@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Molekulare Biologie 
• Molekulare Medizin

Gene Editing / RNA-Interferenz

Frederik Voigt

Tel.: 0761 270-84675
Frederik.voigt@uniklinik-freiburg.de

 Expertise:

• Datenbanken
• Schnittstellenentwicklung

Affiliierung: Mitglied im MTB, ZPM, AG Künstliche Intelligenz

Maximilian von der Linde

PhD student

maximilian.linde@uniklinik-freiburg.de

Geritt Batt
Linux HPC-Cluster Administrator

Tel.: 0761 270-84687
geritt.batt@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Linux HPC

Tom Deak
Linux HPC-Cluster Administrator

Tel.: 0761 270-84684
tom.deak@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Linux HPC

Jonas Gassenschmidt
Softwareentwickler

Tel.: 0761 270-84655
jonas.gassenschmidt@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Softwareentwicklung

Georg Kohnke
Softwareentwickler

Tel.: 0761 270-84686
georg.kohnke@uniklinik-freiburg.de

Expertise:

• Software-Architektur

Lea Krömer

Tanja Werner